⚙️ Backend

Accédez aux plus de 200 millions de structures de protéines prédites par l'IA d'AlphaFold. Récupérez les structures par ID UniProt, téléchargez les fichiers PDB/mmCIF, analysez les indicateurs de confiance (pLDDT, PAE), pour la découverte de médicaments et la biologie structurale.

Bibliothèque Python complète pour l'astronomie et l'astrophysique. Cette compétence doit être utilisée lors du travail avec des données astronomiques, notamment des coordonnées célestes, des unités physiques, des fichiers FITS, des calculs cosmologiques, des systèmes temporels, des tables, des systèmes de coordonnées mondiales (WCS) et l'analyse de données astronomiques. Utilisez-la pour les tâches impliquant des transformations de coordonnées, des conversions d'unités, la manipulation de fichiers FITS, des calculs de distances cosmologiques, des conversions d'échelles temporelles ou le traitement de données astronomiques.

Guide complet du développement backend pour microservices Node.js/Express/TypeScript. Utilisez-le lors de la création de routes, contrôleurs, services, référentiels, middleware ou lors du travail avec des API Express, l'accès à la base de données Prisma, le suivi des erreurs Sentry, la validation Zod, unifiedConfig, l'injection de dépendances ou les modèles asynchrones. Couvre l'architecture en couches (routes → contrôleurs → services → référentiels), le modèle BaseController, la gestion des erreurs, la surveillance des performances, les stratégies de test et la migration depuis des modèles hérités.

Modèles d'architecture backend, conception d'API, optimisation des bases de données et bonnes pratiques côté serveur pour les routes API Node.js, Express et Next.js. À utiliser lors de la construction ou de la révision des routes API Node.js, Express ou Next.js et de leur accès aux données.

Intégration de la plateforme R&D Benchling. Accès au registre (ADN, protéines), à l’inventaire, aux entrées ELN, aux flux de travail via API, création d’applications Benchling, interrogation du Data Warehouse, pour l’automatisation de la gestion des données de laboratoire.

Kit Python principal pour la biologie moléculaire. Préféré pour les requêtes PubMed/NCBI basées sur Python (Bio.Entrez), la manipulation de séquences, l'analyse de fichiers (FASTA, GenBank, FASTQ, PDB), les workflows BLAST avancés, les structures, la phylogénétique. Pour un BLAST rapide, utilisez gget. Pour une API REST directe, utilisez pubmed-database.

Outil de recherche de base de données efficace pour le serveur de prépublications bioRxiv. Utilisez cette compétence lors de la recherche de prépublications en sciences de la vie par mots-clés, auteurs, plages de dates ou catégories, lors de la récupération des métadonnées des articles, du téléchargement de PDF ou de la réalisation de revues bibliographiques.

Outil Python principal pour plus de 40 services de bioinformatique. Préféré pour les flux de travail multi-bases de données : UniProt, KEGG, ChEMBL, PubChem, Reactome, QuickGO. API unifiée pour les requêtes, le mappage des ID, l'analyse des voies métaboliques. Pour un contrôle REST direct, utilisez les compétences de base de données individuelles (uniprot-database, kegg-database).

Interrogez les molécules bioactives et les données de découverte de médicaments de ChEMBL. Recherchez des composés par structure/propriétés, récupérez des données de bioactivité (IC50, Ki), trouvez des inhibiteurs, effectuez des études SAR, pour la chimie médicinale.

Interrogez ClinicalTrials.gov via l'API v2. Recherchez des essais par condition, médicament, emplacement, statut ou phase. Récupérez les détails des essais par ID NCT, exportez les données, pour la recherche clinique et l'appariement de patients.

Accédez aux données pharmacogénomiques d'Access ClinPGx (successeur de PharmGKB). Interrogez les interactions gène-médicament, les lignes directrices CPIC, les fonctions alléliques pour la médecine personnalisée et les décisions de dosage guidées par le génotype.

Interrogez NCBI ClinVar pour la signification clinique des variants. Recherchez par gène/position, interprétez les classifications de pathogénicité, accédez via l'API E-utilities ou FTP, annotatez les VCF, pour la médecine génomique.

Transférez du code entre des fichiers avec une précision ligne par ligne. Utilisez-le lorsque les utilisateurs demandent de copier du code d'un emplacement à un autre, de déplacer des fonctions ou des classes entre des fichiers, d'extraire des blocs de code ou d'insérer du code à des numéros de ligne spécifiques.

Accéder à la base de données COSMIC des mutations cancéreuses. Interroger les mutations somatiques, le Recensement des gènes cancéreux, les signatures mutagènes, les fusions génétiques pour la recherche sur le cancer et l'oncologie de précision. Nécessite une authentification.

Orientation en leadership technique pour les équipes d'ingénierie, décisions d'architecture et stratégie technologique. Inclut un analyseur de dette technique, un calculateur de mise à l'échelle des équipes, des cadres de métriques d'ingénierie, des outils d'évaluation technologique et des modèles ADR. Utilisez-le lors de l'évaluation de la dette technique, de la mise à l'échelle des équipes d'ingénierie, de l'évaluation des technologies, des décisions d'architecture, de l'établissement de métriques d'ingénierie, ou lorsque l'utilisateur mentionne CTO, debt tech, dette technique, mise à l'échelle des équipes, décisions d'architecture, évaluation technologique, métriques d'ingénierie, métriques DORA ou stratégie technologique.

Travailler avec MongoDB (base de données documentaire, documents BSON, pipelines d'agrégation, cloud Atlas) et PostgreSQL (base de données relationnelle, requêtes SQL, CLI psql, pgAdmin). Utiliser lors de la conception de schémas de bases de données, l'écriture de requêtes et d'agrégations, l'optimisation des index pour les performances, l'exécution de migrations de bases de données, la configuration de la réplication et du sharding, la mise en œuvre de stratégies de sauvegarde et de restauration, la gestion des utilisateurs et des permissions de bases de données, l'analyse des performances des requêtes ou l'administration de bases de données en production.

Accédez et analysez des informations complètes sur les médicaments provenant de la base de données DrugBank, y compris les propriétés des médicaments, les interactions, les cibles, les voies métaboliques, les structures chimiques et les données pharmacologiques. Cette compétence doit être utilisée lors du travail avec des données pharmaceutiques, de la recherche sur la découverte de médicaments, des études pharmacologiques, de l'analyse des interactions médicamenteuses, de l'identification des cibles, des recherches de similarité chimique, des prédictions ADMET ou toute tâche nécessitant des informations détaillées sur les médicaments et les cibles médicamenteuses provenant de DrugBank.

Accédez à l'Archive Européenne des Nucléotides via API/FTP. Récupérez des séquences d'ADN/ARN, des lectures brutes (FASTQ), des assemblages génomiques par accession, pour des pipelines de génomique et de bioinformatique. Prend en charge plusieurs formats.

Interroger l'API REST de la base de données Ensembl Genome pour plus de 250 espèces. Recherches sur les gènes, récupération de séquences, analyse des variants, génomique comparative, orthologues, prédictions VEP, pour la recherche génomique.

Boîte à outils pour arbre phylogénétique (ETE). Manipulation d'arbres (Newick/NHX), détection d'événements évolutifs, orthologie/paralogie, taxonomie NCBI, visualisation (PDF/SVG), pour la phylogénomique.

Interroger l'API openFDA pour les médicaments, les dispositifs médicaux, les effets indésirables, les rappels, les dossiers de réglementation (510k, PMA) et l'identification des substances (UNII) dans le cadre de l'analyse des données réglementaires de la FDA et de la recherche sur la sécurité.

Détaillez les demandes de fonctionnalités en plans détaillés et implementables avec des tâches claires. Utilisez-le lorsque l’utilisateur demande une nouvelle fonctionnalité, une amélioration ou un changement complexe.

Cette compétence traite les fichiers contenant des balises figlet et les remplace par des représentations d'art ASCII. Elle détecte et préserve les styles de commentaires (double slash, dièse, double tiret, slash astérisque), gère automatiquement les dépendances Node.js et prend en charge plus de 400 polices (la police standard est utilisée par défaut). Cette compétence doit être utilisée quand un utilisateur demande de convertir du texte marqué dans un fichier en art ASCII à l'aide de la syntaxe des balises figlet, ou quand il veut lister les polices disponibles.

Interrogez NCBI Gene via l'API E-utilities/Datasets. Recherchez par symbole/ID, récupérez les informations sur le gène (RefSeqs, GO, emplacements, phénotypes), effectuez des recherches par lots, pour l'annotation des gènes et l'analyse fonctionnelle.