⚙️ Backend

Accédez aux plus de 200 millions de structures de protéines prédites par l'IA d'AlphaFold. Récupérez les structures par ID UniProt, téléchargez les fichiers PDB/mmCIF, analysez les indicateurs de confiance (pLDDT, PAE), pour la découverte de médicaments et la biologie structurale.

Bibliothèque Python complète pour l'astronomie et l'astrophysique. Cette compétence doit être utilisée lors du travail avec des données astronomiques, notamment des coordonnées célestes, des unités physiques, des fichiers FITS, des calculs cosmologiques, des systèmes temporels, des tables, des systèmes de coordonnées mondiales (WCS) et l'analyse de données astronomiques. Utilisez-la pour les tâches impliquant des transformations de coordonnées, des conversions d'unités, la manipulation de fichiers FITS, des calculs de distances cosmologiques, des conversions d'échelles temporelles ou le traitement de données astronomiques.

Guide complet du développement backend pour microservices Node.js/Express/TypeScript. Utilisez-le lors de la création de routes, contrôleurs, services, référentiels, middleware ou lors du travail avec des API Express, l'accès à la base de données Prisma, le suivi des erreurs Sentry, la validation Zod, unifiedConfig, l'injection de dépendances ou les modèles asynchrones. Couvre l'architecture en couches (routes → contrôleurs → services → référentiels), le modèle BaseController, la gestion des erreurs, la surveillance des performances, les stratégies de test et la migration depuis des modèles hérités.

Intégration de la plateforme R&D Benchling. Accès au registre (ADN, protéines), à l’inventaire, aux entrées ELN, aux flux de travail via API, création d’applications Benchling, interrogation du Data Warehouse, pour l’automatisation de la gestion des données de laboratoire.

Kit Python principal pour la biologie moléculaire. Préféré pour les requêtes PubMed/NCBI basées sur Python (Bio.Entrez), la manipulation de séquences, l'analyse de fichiers (FASTA, GenBank, FASTQ, PDB), les workflows BLAST avancés, les structures, la phylogénétique. Pour un BLAST rapide, utilisez gget. Pour une API REST directe, utilisez pubmed-database.

Outil Python principal pour plus de 40 services de bioinformatique. Préféré pour les flux de travail multi-bases de données : UniProt, KEGG, ChEMBL, PubChem, Reactome, QuickGO. API unifiée pour les requêtes, le mappage des ID, l'analyse des voies métaboliques. Pour un contrôle REST direct, utilisez les compétences de base de données individuelles (uniprot-database, kegg-database).

Interrogez les molécules bioactives et les données de découverte de médicaments de ChEMBL. Recherchez des composés par structure/propriétés, récupérez des données de bioactivité (IC50, Ki), trouvez des inhibiteurs, effectuez des études SAR, pour la chimie médicinale.

Orientation en leadership technique pour les équipes d'ingénierie, décisions d'architecture et stratégie technologique. Inclut un analyseur de dette technique, un calculateur de mise à l'échelle des équipes, des cadres de métriques d'ingénierie, des outils d'évaluation technologique et des modèles ADR. Utilisez-le lors de l'évaluation de la dette technique, de la mise à l'échelle des équipes d'ingénierie, de l'évaluation des technologies, des décisions d'architecture, de l'établissement de métriques d'ingénierie, ou lorsque l'utilisateur mentionne CTO, debt tech, dette technique, mise à l'échelle des équipes, décisions d'architecture, évaluation technologique, métriques d'ingénierie, métriques DORA ou stratégie technologique.

Accédez à l'Archive Européenne des Nucléotides via API/FTP. Récupérez des séquences d'ADN/ARN, des lectures brutes (FASTQ), des assemblages génomiques par accession, pour des pipelines de génomique et de bioinformatique. Prend en charge plusieurs formats.

Interroger l'API REST de la base de données Ensembl Genome pour plus de 250 espèces. Recherches sur les gènes, récupération de séquences, analyse des variants, génomique comparative, orthologues, prédictions VEP, pour la recherche génomique.

Interroger l'API openFDA pour les médicaments, les dispositifs médicaux, les effets indésirables, les rappels, les dossiers de réglementation (510k, PMA) et l'identification des substances (UNII) dans le cadre de l'analyse des données réglementaires de la FDA et de la recherche sur la sécurité.

Cette compétence traite les fichiers contenant des balises figlet et les remplace par des représentations d'art ASCII. Elle détecte et préserve les styles de commentaires (double slash, dièse, double tiret, slash astérisque), gère automatiquement les dépendances Node.js et prend en charge plus de 400 polices (la police standard est utilisée par défaut). Cette compétence doit être utilisée quand un utilisateur demande de convertir du texte marqué dans un fichier en art ASCII à l'aide de la syntaxe des balises figlet, ou quand il veut lister les polices disponibles.

Kit CLI/Python pour des requêtes bioinformatiques rapides. Préféré pour les recherches BLAST rapides. Accès à plus de 20 bases de données : informations sur les gènes (Ensembl/UniProt), AlphaFold, ARCHS4, Enrichr, OpenTargets, COSMIC, téléchargements de génomes. Pour le traitement BLAST avancé/par lots, utilisez biopython. Pour l'intégration multi-bases de données, utilisez bioservices.

Interrogez le Catalogue GWAS NHGRI-EBI pour les associations SNP-caractère. Recherchez les variants par ID rs, maladie/caractère, gène, récupérez les p-valeurs et les statistiques récapitulatives, pour l'épidémiologie génétique et les scores de risque polygéniques.

Intégration de l'API du carnet de laboratoire électronique. Accès aux carnets, gestion des entrées/pieces jointes, sauvegarde des carnets, intégration avec Protocols.io/Jupyter/REDCap, pour des flux de travail ELN programmatiques.

Cette compétence doit être utilisée lors du travail avec LaminDB, un cadre de données open source pour la biologie qui rend les données interrogables, traçables, reproductibles et FAIR. Utilisez-la pour gérer des ensembles de données biologiques (scRNA-seq, spatial, cytométrie en flux, etc.), suivre des flux de travail computationnels, curer et valider des données avec des ontologies biologiques, construire des lakehouses de données ou garantir la lignée des données et la reproductibilité dans la recherche biologique. Elle couvre la gestion des données, l’annotation, les ontologies (gènes, types cellulaires, maladies, tissus), la validation de schéma, les intégrations avec les gestionnaires de flux de travail (Nextflow, Snakemake) et les plateformes MLOps (W&B, MLflow), ainsi que les stratégies de déploiement.

Documentation de l'API Linode

Crée et valide 7 documents de projet (besoins, architecture, tech_stack, api_spec, schéma de base de données, directives de conception, runbook). Quatrième travailleur dans le pipeline ln-110-documents.

Créer/replanifier des épiques à partir de l’étendue (3-7 épiques). Aperçu par lot + extraction automatique. Modèle « Décomposer d’abord ». Découverte automatique de l’ID de l’équipe.

Accédez à la NIH Metabolomics Workbench via API REST (plus de 4 200 études). Interrogez des métabolites, la nomenclature RefMet, des données MS/NMR, des recherches m/z, des métadonnées d'étude, pour la métabolomique et la découverte de biomarqueurs.

Féaturisation moléculaire pour ML (plus de 100 featurizers). ECFP, MACCS, descripteurs, modèles pré-entraînés (ChemBERTa), conversion des SMILES en caractéristiques, pour QSAR et ML moléculaire.

Documentation N8N - Plateforme d’automatisation de workflows avec capacités d’IA

Documentation de l'API Ollama

Accédez à RCSB PDB pour des structures 3D de protéines/acides nucléiques. Recherchez par texte/séquence/structure, téléchargez des coordonnées (PDB/mmCIF), récupérez des métadonnées, pour la biologie structurale et la découverte de médicaments.