⚙️ Backend

Accédez aux plus de 200 millions de structures de protéines prédites par l'IA d'AlphaFold. Récupérez les structures par ID UniProt, téléchargez les fichiers PDB/mmCIF, analysez les indicateurs de confiance (pLDDT, PAE), pour la découverte de médicaments et la biologie structurale.

Expert sur l'API Anthropic Claude, les modèles, l'ingénierie de prompts, l'appel de fonctions, la vision et les meilleures pratiques. Déclenche sur anthropic, claude, api, prompt, appel de fonctions, vision, messages api, embeddings

Guide la conception stable d'API et d'interfaces. À utiliser lors de la conception d'API, de limites de modules ou de toute interface publique. À utiliser lors de la création de points de terminaison REST ou GraphQL, de la définition de contrats de types entre modules ou de l'établissement de limites entre frontend et backend.

Documentation de l'Apify JS SDK - Web scraping, crawling et développement d'Actor

Modèles d'architecture backend, conception d'API, optimisation des bases de données et bonnes pratiques côté serveur pour les routes API Node.js, Express et Next.js. À utiliser lors de la construction ou de la révision des routes API Node.js, Express ou Next.js et de leur accès aux données.

Intégration de la plateforme R&D Benchling. Accès au registre (ADN, protéines), à l’inventaire, aux entrées ELN, aux flux de travail via API, création d’applications Benchling, interrogation du Data Warehouse, pour l’automatisation de la gestion des données de laboratoire.

Kit Python principal pour la biologie moléculaire. Préféré pour les requêtes PubMed/NCBI basées sur Python (Bio.Entrez), la manipulation de séquences, l'analyse de fichiers (FASTA, GenBank, FASTQ, PDB), les workflows BLAST avancés, les structures, la phylogénétique. Pour un BLAST rapide, utilisez gget. Pour une API REST directe, utilisez pubmed-database.

Outil de recherche de base de données efficace pour le serveur de prépublications bioRxiv. Utilisez cette compétence lors de la recherche de prépublications en sciences de la vie par mots-clés, auteurs, plages de dates ou catégories, lors de la récupération des métadonnées des articles, du téléchargement de PDF ou de la réalisation de revues bibliographiques.

Accédez aux données pharmacogénomiques d'Access ClinPGx (successeur de PharmGKB). Interrogez les interactions gène-médicament, les lignes directrices CPIC, les fonctions alléliques pour la médecine personnalisée et les décisions de dosage guidées par le génotype.

Accédez à l'Archive Européenne des Nucléotides via API/FTP. Récupérez des séquences d'ADN/ARN, des lectures brutes (FASTQ), des assemblages génomiques par accession, pour des pipelines de génomique et de bioinformatique. Prend en charge plusieurs formats.

Interroger l'API REST de la base de données Ensembl Genome pour plus de 250 espèces. Recherches sur les gènes, récupération de séquences, analyse des variants, génomique comparative, orthologues, prédictions VEP, pour la recherche génomique.

Interrogez NCBI Gene via l'API E-utilities/Datasets. Recherchez par symbole/ID, récupérez les informations sur le gène (RefSeqs, GO, emplacements, phénotypes), effectuez des recherches par lots, pour l'annotation des gènes et l'analyse fonctionnelle.

Interrogez le Catalogue GWAS NHGRI-EBI pour les associations SNP-caractère. Recherchez les variants par ID rs, maladie/caractère, gène, récupérez les p-valeurs et les statistiques récapitulatives, pour l'épidémiologie génétique et les scores de risque polygéniques.

Accéder à la Human Metabolome Database (plus de 220 000 métabolites). Rechercher par nom/ID/structure, récupérer des propriétés chimiques, des données de biomarqueurs, des spectres RMN/SM, des voies métaboliques, pour la métabolomique et l'identification.

Accès direct à l'API REST de KEGG (usage académique uniquement). Analyse de voies métaboliques, cartographie gène-voie, voies métaboliques, interactions médicamenteuses, conversion d'identifiants. Pour les flux de travail Python avec plusieurs bases de données, préférez bioservices. Utilisez ceci pour un travail HTTP/REST direct ou un contrôle spécifique à KEGG.

Intégration de l'API du carnet de laboratoire électronique. Accès aux carnets, gestion des entrées/pieces jointes, sauvegarde des carnets, intégration avec Protocols.io/Jupyter/REDCap, pour des flux de travail ELN programmatiques.

Documentation de l'API Linode

CRÉER/RÉPLANIFIER des Histoires pour Épic (5-10 Histoires). Déléguer ln-221-standards-researcher pour la recherche des normes. Modèle Décomposition Première. Découverte automatique de l’équipe/Épic.

Recherche les normes/modèles via MCP Ref. Génère une Recherche de normes pour la sous-section Notes techniques de l'histoire. Ouvrier réutilisable.

Accédez à la NIH Metabolomics Workbench via API REST (plus de 4 200 études). Interrogez des métabolites, la nomenclature RefMet, des données MS/NMR, des recherches m/z, des métadonnées d'étude, pour la métabolomique et la découverte de biomarqueurs.

Interrogez la plateforme Open Targets sur les associations cible-maladie, la découverte des cibles thérapeutiques, les données de tractabilité/sécurité, les preuves génétiques/omiques et les médicaments connus, pour l’identification de cibles thérapeutiques.

Accédez à RCSB PDB pour des structures 3D de protéines/acides nucléiques. Recherchez par texte/séquence/structure, téléchargez des coordonnées (PDB/mmCIF), récupérez des métadonnées, pour la biologie structurale et la découverte de médicaments.

Concevez des cas de test complets à l'aide de PICT (Pairwise Independent Combinatorial Testing) pour tout élément de spécification ou de code. Analysez les entrées, générez des modèles PICT avec des paramètres, des valeurs et des contraintes pour des scénarios valides à l'aide du test pairwise. Produisez le modèle PICT, un tableau markdown des cas de test et les résultats attendus.

Générateur complet de planification de projet et de documentation pour les projets logiciels. Crée des documents de spécifications structurés, des documents de conception système et des plans de répartition des tâches avec suivi de l'implémentation. Utilisez-le lors du lancement d'un nouveau projet, de la définition des spécifications, de la création de conceptions techniques ou de la décomposition de systèmes complexes en tâches réalisables. Prend en charge le format des histoires utilisateur, les critères d'acceptation, la conception des composants, les spécifications API et la décomposition hiérarchique des tâches avec traçabilité des exigences.