⚙️ Backend

Documentation de l'Apify JS SDK - Web scraping, crawling et développement d'Actor

Guide complet du développement backend pour microservices Node.js/Express/TypeScript. Utilisez-le lors de la création de routes, contrôleurs, services, référentiels, middleware ou lors du travail avec des API Express, l'accès à la base de données Prisma, le suivi des erreurs Sentry, la validation Zod, unifiedConfig, l'injection de dépendances ou les modèles asynchrones. Couvre l'architecture en couches (routes → contrôleurs → services → référentiels), le modèle BaseController, la gestion des erreurs, la surveillance des performances, les stratégies de test et la migration depuis des modèles hérités.

Intégration de la plateforme R&D Benchling. Accès au registre (ADN, protéines), à l’inventaire, aux entrées ELN, aux flux de travail via API, création d’applications Benchling, interrogation du Data Warehouse, pour l’automatisation de la gestion des données de laboratoire.

Interrogez ClinicalTrials.gov via l'API v2. Recherchez des essais par condition, médicament, emplacement, statut ou phase. Récupérez les détails des essais par ID NCT, exportez les données, pour la recherche clinique et l'appariement de patients.

Accédez aux données pharmacogénomiques d'Access ClinPGx (successeur de PharmGKB). Interrogez les interactions gène-médicament, les lignes directrices CPIC, les fonctions alléliques pour la médecine personnalisée et les décisions de dosage guidées par le génotype.

Interrogez NCBI ClinVar pour la signification clinique des variants. Recherchez par gène/position, interprétez les classifications de pathogénicité, accédez via l'API E-utilities ou FTP, annotatez les VCF, pour la médecine génomique.

Effectuer des opérations de refactorisation de code en masse, comme renommer des variables/functions dans plusieurs fichiers, remplacer des motifs et mettre à jour des appels d’API. Utiliser lorsque les utilisateurs demandent de renommer des identifiants, de remplacer des motifs de code dépréciés, de mettre à jour des appels de méthode ou d’apporter des modifications cohérentes dans plusieurs emplacements.

Accéder à la base de données COSMIC des mutations cancéreuses. Interroger les mutations somatiques, le Recensement des gènes cancéreux, les signatures mutagènes, les fusions génétiques pour la recherche sur le cancer et l'oncologie de précision. Nécessite une authentification.

Travailler avec MongoDB (base de données documentaire, documents BSON, pipelines d'agrégation, cloud Atlas) et PostgreSQL (base de données relationnelle, requêtes SQL, CLI psql, pgAdmin). Utiliser lors de la conception de schémas de bases de données, l'écriture de requêtes et d'agrégations, l'optimisation des index pour les performances, l'exécution de migrations de bases de données, la configuration de la réplication et du sharding, la mise en œuvre de stratégies de sauvegarde et de restauration, la gestion des utilisateurs et des permissions de bases de données, l'analyse des performances des requêtes ou l'administration de bases de données en production.

Accédez et analysez des informations complètes sur les médicaments provenant de la base de données DrugBank, y compris les propriétés des médicaments, les interactions, les cibles, les voies métaboliques, les structures chimiques et les données pharmacologiques. Cette compétence doit être utilisée lors du travail avec des données pharmaceutiques, de la recherche sur la découverte de médicaments, des études pharmacologiques, de l'analyse des interactions médicamenteuses, de l'identification des cibles, des recherches de similarité chimique, des prédictions ADMET ou toute tâche nécessitant des informations détaillées sur les médicaments et les cibles médicamenteuses provenant de DrugBank.

Interroger l'API openFDA pour les médicaments, les dispositifs médicaux, les effets indésirables, les rappels, les dossiers de réglementation (510k, PMA) et l'identification des substances (UNII) dans le cadre de l'analyse des données réglementaires de la FDA et de la recherche sur la sécurité.

Détaillez les demandes de fonctionnalités en plans détaillés et implementables avec des tâches claires. Utilisez-le lorsque l’utilisateur demande une nouvelle fonctionnalité, une amélioration ou un changement complexe.

Framework pour les simulations de dynamique des fluides computationnels en utilisant Python. Utilisez-le lors de l'exécution de simulations de dynamique des fluides incluant les équations de Navier-Stokes (2D/3D), les équations d'eau peu profonde, les écoulements stratifiés, ou lors de l'analyse de la turbulence, de la dynamique des vortex ou des écoulements géophysiques. Il fournit des méthodes pseudospectrales avec FFT, un support HPC et une analyse complète des sorties.

Interrogez NCBI Gene via l'API E-utilities/Datasets. Recherchez par symbole/ID, récupérez les informations sur le gène (RefSeqs, GO, emplacements, phénotypes), effectuez des recherches par lots, pour l'annotation des gènes et l'analyse fonctionnelle.

Kit CLI/Python pour des requêtes bioinformatiques rapides. Préféré pour les recherches BLAST rapides. Accès à plus de 20 bases de données : informations sur les gènes (Ensembl/UniProt), AlphaFold, ARCHS4, Enrichr, OpenTargets, COSMIC, téléchargements de génomes. Pour le traitement BLAST avancé/par lots, utilisez biopython. Pour l'intégration multi-bases de données, utilisez bioservices.

Intégration de l'API du carnet de laboratoire électronique. Accès aux carnets, gestion des entrées/pieces jointes, sauvegarde des carnets, intégration avec Protocols.io/Jupyter/REDCap, pour des flux de travail ELN programmatiques.

Documentation de l'API Linode

Créer/replanifier des épiques à partir de l’étendue (3-7 épiques). Aperçu par lot + extraction automatique. Modèle « Décomposer d’abord ». Découverte automatique de l’ID de l’équipe.

CRÉER/RÉPLANIFIER des Histoires pour Épic (5-10 Histoires). Déléguer ln-221-standards-researcher pour la recherche des normes. Modèle Décomposition Première. Découverte automatique de l’équipe/Épic.

Recherche les normes/modèles via MCP Ref. Génère une Recherche de normes pour la sous-section Notes techniques de l'histoire. Ouvrier réutilisable.

Exécutez du code Python dans le cloud avec des conteneurs serverless, des GPU et une mise à l'échelle automatique. Utilisez-le lors du déploiement de modèles ML, de l'exécution de tâches de traitement par lot, de la planification de tâches intensives en calcul ou de la diffusion d'API nécessitant une accélération GPU ou une mise à l'échelle dynamique.

Documentation N8N - Plateforme d’automatisation de workflows avec capacités d’IA

Documentation de l'API Ollama

Plateforme de gestion de données microscopiques. Accédez aux images via Python, récupérez des jeux de données, analysez des pixels, gérez des ROIs/annotations, traitements par lot, pour le criblage à haut contenu et les flux de travail de microscopie.