⚙️ バックエンド

AlphaFoldの2億以上のAI予測タンパク質構造にアクセスできます。UniProt IDによって構造を取得し、PDB/mmCIFファイルをダウンロードし、薬剤発見および構造生物学のための信頼性指標（pLDDT、PAE）を分析します。

天文学および天体物理学のための総合的なPythonライブラリ。天体座標、物理単位、FITSファイル、宇宙論的計算、時間システム、テーブル、世界座標システム（WCS）、天文学的データ分析を含む天文学的データを扱う場合にこのスキルを使用してください。座標変換、単位変換、FITSファイルの操作、宇宙論的距離計算、時間尺度変換、または天文学的データ処理に関するタスクの場合に使用してください。

Node.js/Express/TypeScriptマイクロサービスの総合的なバックエンド開発ガイド。ルート、コントローラー、サービス、リポジトリ、ミドルウェアの作成時、またはExpress API、Prismaデータベースアクセス、Sentryエラートラッキング、Zodバリデーション、unifiedConfig、依存性注入、非同期パターンを使用する場合に使用します。レイヤードアーキテクチャ（ルート → コントローラー → サービス → リポジトリ）、BaseControllerパターン、エラーハンドリング、パフォーマンスモニタリング、テスト戦略、レガシーパターンからの移行について説明します。

Benchling R&Dプラットフォームの統合。レジストリ（DNA、タンパク質）、在庫、ELNエントリー、ワークフローにAPI経由でアクセスし、Benchling Appsを構築し、Data Warehouseをクエリして、ラボデータ管理の自動化を行います。

分子生物学のための主要なPythonツールキット。PythonベースのPubMed/NCBIクエリ（Bio.Entrez）、配列操作、ファイル解析（FASTA、GenBank、FASTQ、PDB）、高度なBLASTワークフロー、構造、系統発生学に適している。クイックBLASTにはggetを使用。直接REST APIにはpubmed-databaseを使用。

40以上のバイオインフォマティクスサービスのプライマリPythonツール。UniProt、KEGG、ChEMBL、PubChem、Reactome、QuickGOといったマルチデータベースワークフローに推奨。クエリ、IDマッピング、パスウェイ解析のための統合API。直接REST制御する場合は、個々のデータベーススキル（uniprot-database、kegg-database）を使用してください。

ChEMBLの生物活性分子および創薬データを問い合わせる。構造・特性によって化合物を検索し、生物活性データ（IC50、Ki）を取得し、阻害剤を探し、医薬化学のためにSAR研究を行う。

エンジニアリングチームに対する技術的なリーダーシップのガイダンス、アーキテクチャの決定、およびテクノロジー戦略。テックデブトアナライザー、チーム拡張計算機、エンジニアリング指標フレームワーク、テクノロジー評価ツール、およびADRテンプレートが含まれます。テクニカルデブトの評価、エンジニアリングチームの拡張、テクノロジーの評価、アーキテクチャの決定、エンジニアリング指標の確立を行う場合、またはユーザーがCTO、テックデブト、テクニカルデブト、チーム拡張、アーキテクチャの決定、テクノロジー評価、エンジニアリング指標、DORA指標、またはテクノロジー戦略に言及した場合に使用します。

API/FTPを介して欧州ヌクレオチドアーカイブにアクセスできます。アクセッション番号によりDNA/RNA配列、生リード（FASTQ）、ゲノムアセンブリを取得し、ゲノミクスおよびバイオインフォマティクスのパイプラインに利用できます。複数のフォーマットに対応しています。

250種以上の種のEnsemblゲノムデータベースREST APIをクエリーします。ゲノム研究のための遺伝子検索、配列取得、バリアント解析、比較ゲノミクス、オルソログ、VEP予測。

FDAの規制データ分析および安全性研究のため、薬物、医療機器、有害事象、回収、規制申請（510k、PMA）、物質識別（UNII）に関するopenFDA APIをクエリします。

このスキルは、figletタグを含むファイルを処理し、それをASCIIアート表現に置き換えます。コメントスタイル（//、#、--、/*）を検出して保持し、Node.jsの依存関係を自動的に管理し、400以上のフォントをサポートします（デフォルトは標準フォント）。このスキルは、ユーザーがfigletタグ構文を使用してファイル内のマークされたテキストをASCIIアートに変換することを要求した場合、または利用可能なフォントを一覧表示したい場合に使用されるべきです。

迅速なバイオインフォマティクスクエリ用のCLI/Pythonツールキット。クイックBLAST検索に推奨。20以上のデータベースにアクセス可能：遺伝子情報（Ensembl/UniProt）、AlphaFold、ARCHS4、Enrichr、OpenTargets、COSMIC、ゲノムダウンロード。高度なBLAST/バッチ処理にはbiopythonを使用。マルチデータベース統合にはbioservicesを使用。

SNPと形質の関連性についてNHGRI-EBI GWASカタログをクエリー。rs ID、疾患/形質、遺伝子で変異を検索し、p値とサマリー統計量を取得することで、遺伝疫学および多遺伝子リスクスコアの研究に利用できる。

電子ラボノートAPI統合。ノートブックへのアクセス、エントリー/添付ファイルの管理、ノートブックのバックアップ、Protocols.io/Jupyter/REDCapとの統合、プログラムによるELNワークフローに対応。

このスキルは、生物学向けのオープンソースデータフレームワークであるLaminDBを使用する場合に利用します。LaminDBはデータをクエリ可能、追跡可能、再現可能、かつFAIRにするものです。生物学的データセット（scRNA-seq、空間的、フローサイトメトリーなど）の管理、計算ワークフローの追跡、生物学的オントロジーを使用したデータのキュレーションと検証、データレイクハウスの構築、または生物学的研究におけるデータの系統性と再現性の確保の場合に使用します。データ管理、アノテーション、オントロジー（遺伝子、細胞型、疾患、組織）、スキーマ検証、ワークフローマネージャー（Nextflow、Snakemake）およびMLOpsプラットフォーム（W&B、MLflow）との統合、ならびにデプロイ戦略を対象としています。

Linode API ドキュメンテーション

7つのプロジェクト文書（要件、アーキテクチャ、テックスタック、API仕様、データベーススキーマ、設計ガイドライン、ランブック）を作成および検証します。ln-110-documents-pipelineの4番目のワーカー。

スコープからEpicを作成/再計画（3〜7つのEpic）。バッチプレビュー＋自動抽出。分解優先パターン。チームIDを自動的に発見。

REST APIを介してNIHメタボロミクス・ワークベンチにアクセス（4,200件以上の研究）。メタボロミクスおよびバイオマーカー発見のために、代謝物、RefMet命名法、MS/NMRデータ、m/z検索、研究メタデータをクエリする。

ML用の分子特徴化（100以上の特徴化器）。ECFP、MACCS、記述子、事前学習モデル（ChemBERTa）、SMILESから特徴への変換、QSARおよび分子ML用。

N8N ドキュメンテーション - AI 機能を備えたワークフロー自動化プラットフォーム

[ja] Ollama API Documentation

RCSB PDBをアクセスして3Dタンパク質・核酸構造を取得する。テキスト・配列・構造による検索、座標（PDB/mmCIF）のダウンロード、メタデータの取得を行い、構造生物学と創薬に利用する。