⚙️ バックエンド

AlphaFoldの2億以上のAI予測タンパク質構造にアクセスできます。UniProt IDによって構造を取得し、PDB/mmCIFファイルをダウンロードし、薬剤発見および構造生物学のための信頼性指標（pLDDT、PAE）を分析します。

Anthropic Claude API、モデル、プロンプトエンジニアリング、関数呼び出し、ビジョン、およびベストプラクティスの専門家。anthropic、claude、api、prompt、function calling、vision、messages api、embeddings でトリガーされます。

安定した API とインターフェース設計を指導します。API、モジュール境界、または任意の公開インターフェースを設計する際に使用します。REST または GraphQL エンドポイントの作成、モジュール間の型契約の定義、フロントエンドとバックエンドの境界設定に使用します。

Apify JS SDK のドキュメント - Web スクレイピング、クローリング、およびアクター開発

Node.js、Express、Next.js の API ルート向けのバックエンドアーキテクチャパターン、API 設計、データベース最適化、サーバーサイドのベストプラクティスです。Node.js、Express、または Next.js の API ルートとそのデータアクセスを構築・レビューするときに使用します。

Benchling R&Dプラットフォームの統合。レジストリ（DNA、タンパク質）、在庫、ELNエントリー、ワークフローにAPI経由でアクセスし、Benchling Appsを構築し、Data Warehouseをクエリして、ラボデータ管理の自動化を行います。

分子生物学のための主要なPythonツールキット。PythonベースのPubMed/NCBIクエリ（Bio.Entrez）、配列操作、ファイル解析（FASTA、GenBank、FASTQ、PDB）、高度なBLASTワークフロー、構造、系統発生学に適している。クイックBLASTにはggetを使用。直接REST APIにはpubmed-databaseを使用。

bioRxivプリントサーバー用の効率的なデータベース検索ツール。キーワード、著者、日付範囲、カテゴリーで生命科学プリントを検索する場合、論文のメタデータを取得する場合、PDFをダウンロードする場合、または文献レビューを行う場合にこのスキルを使用します。

Access ClinPGx薬物ゲノミクスデータ（PharmGKBの後継）。個別化医療および遺伝子型に基づく投与量決定のために、遺伝子と薬剤の相互作用、CPICガイドライン、対立遺伝子の機能をクエリします。

API/FTPを介して欧州ヌクレオチドアーカイブにアクセスできます。アクセッション番号によりDNA/RNA配列、生リード（FASTQ）、ゲノムアセンブリを取得し、ゲノミクスおよびバイオインフォマティクスのパイプラインに利用できます。複数のフォーマットに対応しています。

250種以上の種のEnsemblゲノムデータベースREST APIをクエリーします。ゲノム研究のための遺伝子検索、配列取得、バリアント解析、比較ゲノミクス、オルソログ、VEP予測。

E-utilities/Datasets API を介して NCBI Gene をクエリします。シンボル/ID で検索し、遺伝子情報（RefSeqs、GO、位置、表現型）を取得し、バッチ検索を行い、遺伝子アノテーションおよび機能解析を行います。

SNPと形質の関連性についてNHGRI-EBI GWASカタログをクエリー。rs ID、疾患/形質、遺伝子で変異を検索し、p値とサマリー統計量を取得することで、遺伝疫学および多遺伝子リスクスコアの研究に利用できる。

ヒト代謝産物データベース（22万種類以上の代謝産物）へのアクセス。名称/ID/構造で検索し、代謝組成学および同定のための化学的性質、バイオマーカーデータ、NMR/MSスペクトル、経路を取得できます。

KEGGへの直接REST APIアクセス（学術利用のみ）。経路解析、遺伝子-経路マッピング、代謝経路、薬物相互作用、ID変換。複数のデータベースを使用したPythonワークフローの場合は、bioservicesを推奨。直接HTTP/REST作業またはKEGG固有の制御にはこれを使用してください。

電子ラボノートAPI統合。ノートブックへのアクセス、エントリー/添付ファイルの管理、ノートブックのバックアップ、Protocols.io/Jupyter/REDCapとの統合、プログラムによるELNワークフローに対応。

Linode API ドキュメンテーション

Epicのストーリーを作成/再計画（5-10個のストーリー）。基準研究のためにln-221-standards-researcherに委任。Decompose-Firstパターン。チーム/Epicを自動発見。

MCP Ref.を介してリサーチ基準/パターンを調査します。ストーリー技術ノートのサブセクション向けの基準リサーチを生成します。再利用可能なワーカー。

REST APIを介してNIHメタボロミクス・ワークベンチにアクセス（4,200件以上の研究）。メタボロミクスおよびバイオマーカー発見のために、代謝物、RefMet命名法、MS/NMRデータ、m/z検索、研究メタデータをクエリする。

治療標的の同定のため、標的-疾患関連、医薬品標的発見、トラクタビリティ/安全性データ、遺伝学/オミクス証拠、既知医薬品をOpen Targets Platformに問い合わせます。

RCSB PDBをアクセスして3Dタンパク質・核酸構造を取得する。テキスト・配列・構造による検索、座標（PDB/mmCIF）のダウンロード、メタデータの取得を行い、構造生物学と創薬に利用する。

任意の要件またはコードに対して、PICT（ペアワイズ独立組み合わせテスト）を使用して包括的なテストケースを設計します。入力を分析し、ペアワイズテストを使用して有効なシナリオのパラメータ、値、制約を含むPICTモデルを生成します。PICTモデル、テストケースのMarkdownテーブル、および期待される結果を出力します。

ソフトウェアプロジェクト向けの総合的なプロジェクト計画および文書作成ジェネレーター。構造化された要件ドキュメント、システム設計ドキュメント、実装追跡付きのタスク分解計画を作成します。新しいプロジェクトを開始するとき、仕様を定義するとき、技術設計を作成するとき、または複雑なシステムを実装可能なタスクに分解するときに使用します。ユーザーストーリー形式、受け入れ基準、コンポーネント設計、API仕様、および要件トレーサビリティ付きの階層的なタスク分解をサポートします。